Odpočet DPH po lhůtě: nejdřív prošel, později přišlo doměření i penále
News – 21.04.2026
Daňový subjekt podal v dubnu 2020 dodatečné daňové přiznání k DPH za zdaňovací období říjen 2019, ve kterých uplatnil nárok na odpočet daně ve výši přes 2,6 milionu Kč. Tento nárok opíral o dva daňové doklady vystavené již v prosinci 2016 a lednu 2017. Současně podal i následné kontrolní hlášení za říjen 2019 a průvodní dopis, ve kterém uvedl, že dodatečná daňová tvrzení podává z důvodu akruálního reportingu vůči mateřské společnosti, a vyzval správce daně, aby nárok prověřil, pokud s ním nesouhlasí. V průvodním dopisu také uvedl čísla daňových dokladů, základy daně a výši DPH.
Správce daně v červnu 2020 nárok na odpočet konkludentně doměřil, tj. bez věcného prověřování správnosti daňového tvrzení, a vydal dodatečný platební výměr odpovídající tvrzením daňového subjektu. O dva roky později však dospěl k pochybnosti, že nárok na odpočet byl uplatněn v rozporu se zákonem, neboť podle § 73 odst. 3 zákona o DPH měl být uplatněn do tří let. Následně vyzval společnost k podání dodatečného daňového přiznání. Ta reagovala podáním „nulového“ přiznání. Správce daně zahájil postup k odstranění pochybností, které nebyly odstraněny. Z toho důvodu vydal správce daně a v lednu 2023 nový platební výměr, kterým dříve uznaný nárok na odpočet odejmul a současně stanovil penále ve výši necelých 525 tisíc Kč.
Jádro sporu: Kdo nese vinu za původní schválení odpočtu?
Daňový subjekt se bránil žalobou a následně kasační stížností. Tvrdil, že správce daně změnil svůj právní názor, aniž by měl k dispozici nové skutečnosti, a tím porušil zásadu právní jistoty i legitimního očekávání. Podle žalobkyně znamenalo původní konkludentní doměření daně, že správce daně přiznání právně a skutkově posoudil. Pokud správce daně pochybil a později svůj právní názor změnil, měl zahájit přezkumné řízení (sloužící k nápravě nezákonných rozhodnutí), nikoliv vydat výzvu k podání dodatečného přiznání podle § 145 odst. 2 daňového řádu. Z toho důvodu daňový subjekt odmítl platit penále, neboť se domníval, že pochybení leží na straně správce daně, přičemž odkazoval i na dřívější judikáty.
Závěry Nejvyššího správního soudu
Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl. Potvrdil, že postup správce daně byl v souladu se zákonem, a zdůraznil, že v daňovém řízení obecně platí tzv. zásada autoaplikace. Ta znamená, že daňový subjekt sám svou daň vypočte, podá daňové přiznání a daň zaplatí. To vše činí na vlastní odpovědnost.
Pokud správce daně nemá konkrétní pochybnosti o správnosti tvrzené daňové povinnosti, daň bez dalšího ověřování vyměří či doměří v souladu s tvrzením daňového subjektu. Výsledkem je bezvýhradná akceptace tvrzení daňového poplatníka, a proto u konkludentního rozhodnutí nelze obecně hovořit o jeho „nezákonnosti“. Proto nelze vycházet z předpokladu, že správce daně v roce 2020 zaujal určitý právní názor a v roce 2022 jej změnil. Podle soudu se totiž v době konkludentního doměření věcnou stránkou nároku vůbec nezabýval.
Soud souhlasil i se závěrem, že v dané věci nebylo namístě zahajovat přezkumné řízení. To slouží k nápravě nezákonných rozhodnutí. V posuzovaném případě však původní konkludentní rozhodnutí nebylo výsledkem vadného právního posouzení, protože k žádnému takovému posouzení vůbec nedošlo. Šlo o důsledek nesprávného daňového tvrzení samotného daňového subjektu. Proto bylo správné zvolit postup spočívající ve výzvě k podání dodatečného daňového přiznání a následně v postupu k odstranění pochybností.
Vymezení hranice: kdy už správce daně pochybnosti mít musí?
Rozsudek se podrobně vyjadřuje i vůči dřívější judikatuře, zejména rozhodnutím Hamé a Sev.en EC. Soud připustil, že existují případy, kdy správce daně nemůže daň stanovit konkludentně, protože chyba v daňovém tvrzení je zjevná na první pohled. Typicky jde o zcela očividné chyby v počtech, záměnu znamének nebo zdanění plnění, která zjevně dani nepodléhají.
V projednávané věci však o takovou situaci podle soudu nešlo. V průvodním dopisu totiž nebylo uvedeno datum uskutečnění zdanitelného plnění ani data daňových dokladů. Správce daně sice měl k dispozici i následné kontrolní hlášení, které však mělo devatenáct stran a obsahovalo údaje o stovkách plnění. Soud zdůraznil, že po správci daně nelze v rámci konkludentního doměření požadovat, aby takto podrobně pároval údaje mezi jednotlivými dokumenty a prováděl právní úvahy nad včasností uplatněného odpočtu. To by již přesahovalo rámec hrubého posouzení a popíralo by samotný smysl zásady autoaplikace.
Závěr a poučení pro praxi
Rozsudek jasně ukazuje, že nelze přenášet odpovědnost za nesprávné daňové tvrzení na správce daně jen proto, že toto tvrzení finanční úřad v prvním kroku konkludentně vyměřil či doměřil. Stejně tak dopadlo i penále – to vzniká přímo ze zákona a společnost se mu mohla vyhnout pouze tím, že by na výzvu správce daně reagovala podáním nového dodatečného přiznání a nárok sama dobrovolně snížila, což však neudělala. Rozsudek je tak dalším potvrzením, že pokus uplatnit již promlčený nárok s tím, že to „zkusí, zda to projde“, tak s sebou nese plné riziko doměření daně včetně vysokého penále.
Řešíte obdobnou situaci nebo si nejste jistí, zda je váš nárok na odpočet ještě možné bezpečně uplatnit? Obraťte se na nás — rádi s Vámi posoudíme rizika i další vhodný postup.
autoři
- Karel ŠantoraTax Advisor | Tax ManagerDetails zur Person
